伯远生物是国家级专精特新小巨人企业，国家级重点实验室，牵头多项省部级重大专项，公司科研技术人员500+（硕博占比40%以上），作为功能基因研究综合性平台， 15年技术沉淀，每年完成功能基因研究数量50000+，长期服务课题组10000+（含协和、同济、华西、湘雅、中山、军事医学院等顶尖医学研究机构） ，各类仪器设备投资超1个亿

我司案例

BaP和AKT1分子动力学模拟服务：

分子对接虽然能高效预测小分子与靶蛋白的静态结合模式，但其本质是基于能量最小化的“快照”式采样，难以真实反映生物大分子在溶液环境中的动态构象变化、时间演化轨迹及热力学波动信息。蛋白质并非刚性实体，在生理状态下持续发生主链摆动、侧链翻转及结构域运动等动态行为，这些构象动态性深刻影响小分子的结合动力学、结合自由能及变构调控效应。

分子动力学（Molecular Dynamics，MD）模拟作为分子对接的重要延伸与补充，在原子尺度上模拟蛋白-小分子复合物随时间的实时运动轨迹，系统揭示结合体系的动态平衡、构象采样空间及能量起伏特征。分子动力学模拟的核心理论框架建立在经典力学基础之上。体系内原子间相互作用力通过分子力场（如CHARMM、AMBER、OPLS）描述，力场参数涵盖键伸缩、键角弯曲、二面角扭转等键合作用，以及范德华力、静电力等非键合相互作用。模拟过程中，通过数值积分算法迭代更新各原子的位置与速度，从而生成体系在设定宏观条件下的相空间轨迹。典型的MD模拟时间尺度为纳秒至微秒级，足以捕捉蛋白质侧链重排、结合口袋诱导契合及水分子介导的动态相互作用网络。通过轨迹后处理分析，可系统提取均方根偏差（RMSD）、均方根涨落（RMSF）、回旋半径（Rg）、氢键占有率及结合自由能（如MM-GBSA/MM-PBSA方法）等关键量化指标，全面评估复合物的结构稳定性、柔塑性及结合强度动态演化规律。

分子动力学模拟示意图

适用范围

（1）验证并阐明小分子和蛋白的结合机制；

（2）预测小分子与蛋白的结合亲和力与动力学；

（3）探索小分子与蛋白的结合位点；

（4）分析候选分子与靶点结合模式；

技术优势

（1）引入时间维度与动态效应，真实反映蛋白诱导契合、构象重排及变构效应，提供结合过程的时间分辨信息；

（2）模拟生理溶液环境，真实还原细胞内外的水化环境与离子强度，显著提升结合自由能计算的精度与可靠性；

（3）可追踪关键氢键、疏水接触及盐桥等非共价相互作用的动态形成与断裂过程，阐明结合过程中的能量壁垒与动力学障碍；

（4）模拟结果可与NMR弛豫、氢交换质谱、荧光各向异性等动态实验数据直接对比验证，实现计算与实验的交叉佐证；

（5）提前评估候选化合物在靶点结合口袋中的停留时间（residence time）及解离速率，为优化药物药代动力学与持久性提供关键预测指标。

客户下单及项目信息填写

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2、提交项目所需要的具体信息：小分子信息和蛋白序列信息

实验信息

实验过程中客户可以随时登入管理系统查看项目实时进展情况。实验结题时系统会通过短信自动通知客户，并发送实验报告查看网址。实验结题后，实验报告、检测结果可在线查看或打印，并永久保留。

实验周期

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实验交付内容

分子动力学模拟详细结题报告及结果分析