背景说明
RNA结合蛋白(RBP)是一类能够特异性识别并结合双链或单链RNA的功能蛋白,在真核生物中由约500个基因编码。这类蛋白通过其特有的结构基序——如RNA识别基序(RRM)、双链RNA结合结构域(dsRBD)和锌指结构(Zinc Finger)等——实现对RNA分子的精准识别与结合。作为转录后调控的核心执行者,RBP参与调控RNA剪接、聚腺苷酸化、核质转运、亚细胞定位及翻译等多个关键生物学过程,同时还是维持mRNA稳定性的重要调控因子。然而,尽管RBP在基因表达调控网络中具有不可替代的作用,目前对绝大多数RBP的具体功能及其分子机制仍缺乏系统性研究,这一领域亟待更深入的探索。
RIP技术用于探索细胞内RNA与蛋白质之间的相互作用,这项技术特别适用于揭示RNA转录后调控的复杂机制。该技术大致原理为向细胞裂解物中加入针对特定RNA结合蛋白的抗体,并在适宜条件下孵育,使抗体与目标蛋白结合。随后,通过加入Protein A/G agarose beads或其他形式的固相支持物捕获这些抗体-蛋白复合物。然后再进行qPCR验证或高通量测序。
图 RIP检测示意图(Martindale et al. 2020)。
RIP-qPCR服务流程
客户在线下单——订单/实验材料确认——样本处理——获取细胞裂解液——制备磁珠——RNA结合蛋白免疫沉淀——RNA纯化——qPCR分析——结果交付
服务内容及说明
RIP-qPCR实验目的
验证已知靶RNA的富集:确认特定RNA分子是否与目标RBP特异性结合。可作为在RNA调控区域上找到RBP结合的直接证据,在核酸检验方面具有更强的说服力。
实验周期
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客户下单及项目信息填写
在我司官网http://www.biorun.com/进行注册或登录,请客户按照页面提示填写项目名称、选择项目类型、填写个人信息及联系方式,提交项目所需要的具体信息(可联系区域销售经理),
实验信息
实验过程中客户可以随时登入管理系统查看项目实时进展情况。实验结题时系统会通过短信自动通知客户,并发送实验报告查看网址。实验结题后,实验报告、检测结果可在线查看或打印,并永久保留。
实验交付内容
1、所有实验的原始数据(包括实验过程、实验试剂与设备等);
2、RIP电子图片及分析结果。
案例展示
图 RIP-qPCR检测ID1、E2F1、FAK和HIF1a蛋白与circ-Foxo3存在互作(Du et al., 2017)。
参考文献
Martindale J L, Gorospe M, Idda M L. Ribonucleoprotein immunoprecipitation (RIP) analysis[J]. Bio-protocol, 2020, 10(2): e3488-e3488.
Du W W, Yang W, Chen Y, et al. Foxo3 circular RNA promotes cardiac senescence by modulating multiple factors associated with stress and senescence responses[J]. European heart journal, 2017, 38(18): 1402-1412.