背景说明

在ChIP中，超声波随机打断的染色质，经过抗体免疫沉淀下来的DNA，通常长度为几百至几千bp。然而，在CUT&Tag中，转座子只在接近蛋白质结合位点的附近切割染色质，从而使DNA序列长度缩短。因此即使较低的测序深度（3-5M）也能得到高质量的数据，并且其背景信号比大多数ChIP-seq的背景信号低。

原理简介

CUT&Tag技术的核心是在Tn5上融合了protein A/G抗体结合功能域的转座体pAG-Tn5。在进行CUT&Tag实验时，首先进行靶蛋白特异性抗体（一抗）孵育，使抗体进入细胞与靶蛋白结合。为了放大信号，同理接着进行二抗孵育。最后孵育pAG-Tn5转座体，使得转座体进入细胞并与抗体结合，这样就把转座体间接的固定在靶蛋白上，随后加入Mg²⁺，激活Tn5酶的切割活性，切断靶蛋白结合的DNA区域。由于Tn5连有测序接头，在打断的同时直接在片段化的DNA上加接头，接着提取DNA，进行PCR扩增构建文库。

图 ChIP-Seq与CUT&Tag实验程序比较（Zheng et al., 2020）。

尽管CUT&Tag与ChIP方法在某些方面类似，但CUT&Tag实验的起始材料是活的可渗透细胞或分离的细胞核，而不是ChIP-seq中使用的甲醛交联的细胞或组织。CUT&Tag有望将蛋白与染色质DNA互作的研究变成了一种类似PCR反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有重要的意义。

表 CUT&Tag与ChIP-seq比较

服务内容及说明

适用范围

1、用于表观遗传学领域的蛋白质与DNA互作研究；

2、研究转录因子在全基因组上的结合或分布位点；

3、研究组蛋白修饰在全基因组上的分布位点；

4、寻找转录因子下游调控的靶基因。

实验周期

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客户下单及项目信息填写

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2、尽可能丰富的相关资料、文献。

实验信息

实验过程中客户可以随时登入管理系统查看项目实时进展情况。实验结题时系统会通过短信自动通知客户，并发送实验报告查看网址。实验结题后，实验报告，检测结果可在线查看或打印，并永久保留。

实验交付内容

1、所有实验的原始数据（包括实验过程、实验试剂与设备等）；

2、表观组学基础数据分析与差异数据分析（生物信息学分析）；

3、生物信息学分析内容包括：原始数据质控、参考基因组比对、Peak基因注释、峰图分析及注释、Motif分析、GO注释分析、KEGG注释分析等。

文献示例

图 CUT&Tag用于组蛋白修饰分析和RNAPII（Kaya-Okur et al., 2019）。

参考文献

Ye Zheng, Kami Ahmad, Steven Henikoff. CUT&Tag Data Processing and Analysis Tutorial. Protocol .io, 2020.

Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019;10(1):1930.