背景说明

转录因子对基因表达的影响可以通过转录组数据来评估。在真核生物中，转录因子结合位点与目标基因的关系并非一对一的关系，同一个转录因子可以结合于基因临近的启动子区，也可以结合于基因下游的数百kb以外的区域，这些不同的结合方式都会对该基因的表达产生影响。在不同的组织，同一个结合位点可能对不同基因的启动子区都有调控作用。然而并非所有结合位点都是有效的，因为有些结合位点需要其他转录因子的协同才能起作用。

BETA分析（Binding and Expression Target Analysis）是ChIP-Seq与RNA-Seq联合分析的一种方法。是用来预测转录因子或者调控因子目标基因的方法。

BETA分析有三个功能：

1）预测转录因子或调控因子是激活功能还是抑制功能；

2) 预测转录因子或者调控因子目标基因是哪些；

3）预测转录因子或者调控因子结合的motif。

图1 数据分析流程。

服务内容及说明

应用场景

1.ChIP-seq与RNA-seq的联合分析；

2.CUT&Tag与RNA-seq的联合分析；

3.DAP-seq与RNA-seq的联合分析；

4.转录因子或调控因子激活与抑制作用的评估；

5.转录因子或调控因子目标基因预测。

分析周期

10个工作日

客户下单及信息填写

在我司官网http://www.biorun.com/进行注册或登录，请客户按照页面提示填写项目名称、选择项目类型、填写个人信息及联系方式。

提交项目所需要的具体信息，包括：

1.数据集类型和数量；

2.联合分析的数据集组合信息；

3.提供需要做分析的原始数据集。

交付内容：

1.激活和抑制评估结果；

2.转录因子的目标基因结果；

3.上调或下调关联peak的motif分析结果。

文献示例

图2 该转录因子主要起上调的调控作用。

图3 上调基因富集得到的motif。

参考文献 

Wang S, Sun H, Ma J, et al. Target analysis by integration of transcriptome and ChIP-seq data with BETA[J]. Nature protocols, 2013, 8(12): 2502-2515.