背景说明

DAP-seq的全称是DNAaffinity purification sequencing，即DNA亲和纯化测序，该技术通过体外表达转录因子鉴定转录因子结合位点（Transcription factor binding site，TFBS），不受抗体和物种限制，且具有高通量的优势，该技术自问世以来，已被广泛应用于转录调控和表观组学的研究。

DAP-seq实验原理

体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化，将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。其基本过程是将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签（Halo-Tag）的载体中，构建蛋白表达载体，进行体外蛋白表达，形成转录因子和亲和标签的融合蛋白；提取样品的基因组DNA，构建DNA文库，然后将体外表达的带有亲和标签的转录因子和DNA文库进行结合，随后把结合的DNA洗脱后上机测序。

图 DAP-seq实验流程(Bartlett et al., 2017)。

服务内容及说明

DAP-seq的优点：

1、更接近体内实验

该方法可以直接使用从细胞中提取的基因组DNA与目标TF结合，从而可以保留基因组DNA修饰（例如，甲基化修饰）的效应，从而更加接近CHIP-seq实验的效果。

2、TF结合位点DNA片段的富集过程更加简单

在表达带有Halo-tag标签的TF后，将Halo-tag标签与带有对应配体的磁珠连接，从而给TF带上了磁性。在后续试验中，采用磁铁吸附的策略，替代了常用的免疫共沉淀策略，从而降低了试验难度。

适用场景

转录因子结合位点分析与功能分析。

实验周期

致电详询。

客户下单及项目信息填写

在我司官网http://www.biorun.com/进行注册或登录，请客户按照页面提示填写项目名称、选择项目类型、填写个人信息及联系方式，提交项目所需要的具体信息，包括：

1、组织、细胞等样品来源、状态及其他相关信息；

2、参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果；

3、尽可能丰富的相关资料、文献。

实验信息

实验过程中客户可以随时登入管理系统查看项目实时进展情况。实验结题时系统会通过短信自动通知客户，并发送实验报告查看网址。实验结题后，实验报告、检测结果可在线查看或打印，并永久保留。

实验交付内容

1、所有实验的原始数据（包括实验过程、实验试剂与设备等）；

2、表观组学基础数据分析与样本间差异分析（生物信息学分析）；

3、生物信息学分析内容包括：

①测序评估：测序质量评估、碱基组成与质量分析、过滤信息统计；

②比对分析：比对基因组统计、Reads在染色体上的分布、测序深度与饱和度分析；

③Peak分析：Peak calling、Peak长度分布、Peak深度分布、Peak富集倍数分布；

④Peak注释：Peak 相关基因分析、Peak在基因功能元件上的分布、Peak相关基因的GO/Pathway功能富集分析；

⑤Motif分析

⑥各处理组peak合并及多样本聚类：peak丰度计算、PCA分析、相关性热图分析；

⑦处理组共有特有peak分析：比较组共有特有peak及相关基因统计、GO富集分析、KO富集分析；

⑧组间peak差异分析：差异peak统计、组间差异peak相关基因分析、GO富集分析、KO富集分析。

文献示例